Pengendalian nematoda parasit dapat dilakukan dengan perlakuan kimia menggunakan nematisida. Akan tatapi pengendalian yang paling efektif dan aman bagi lingkungan adalah dengan merendam benih dalam air panas.
Sebelumnya benih direndam dulu dalam air dingin selama 18-24 jam, kemudian direndam dalam air panas pada suhu 51-53oC selama 15 menit. Kemudian benih harus dikeringkan pada suhu 30-35oC atau dijemur di terik matahari apabila untuk disimpan/tidak untuk ditebar langsung.
Untuk tujuan karantina tumbuhan di Internasional Rice Research Institute benih direndam di dalam air dingin selama 3 jam dan selanjutnya ke dalam air panas pada suhu 52–57oC selama 15 menit. (Luc, 2005). Perendaman dengan air panas dimaksudkan untuk mengaktifkan nematoda yang dorman di dalam benih padi, sedangkan perendaman dengan air panas dimaksudkan untuk mematikan nematoda.
Dengan melokalisasi tempat penyemaian benih dapat mencegah berkembangnya nematoda tersebut pada pertanaman. Sebelum bibit dipindah ke lokasi pertanaman, dapat diseleksi terlebih dahulu bibit yang terserang dan dimusnahkan.
Kemudian lokasi penyemaian harus diberakan dan air yang ada di lokasi persemaian dicegah agar tidak mengalir ke lokasi pertanaman atau lokasi persemaian lain sehingga perkembangan nematoda parasit dapat dicegah dan tidak terbawa pada produksi benih selanjutnya. Lokasi bekas pertanaman yang terserang A. besseyi harus diberakan dan tidak ditanam dengan tanaman yang menjadi inangnya.
Nematoda parasit Aphelenchoides besseyi tidak hanya terdapat pada padi tapi juga dapat memarasit tanaman lain seperti tanaman rumput-rumputan, ubi-ubian seperti talas dan beberapa tanam hias antara lain bunga krisan, bunga sedap malam (Poliathes tuberosa) dan juga tanaman buah seperti stroberi.
