Perairan tambak merupakan jenis perairan tertutup yang menggenang dan  dibatasi oleh petakan tambak, sehingga ditinjau dari dinamika perairan  relatif bersifat statis dan kualitas perairannya sangat tergantung dari  pengaruh/perlakuan dari luar. Ekosistem yang terbentuk di dalamnya dapat  dikatakan bukan suatu ekosistem yang dapat mengontrol keseimbangan dan  kestabilan perairan tersebut dengan sendirinya seperti pada ekosistem  perairan yang bersifat alami dan terbuka. Suatu ekosistem perairan yang  selalu terjaga dalam keseimbangan dan kestabilannya merupakan suatu area  yang dapat memberikan rasa aman dan nyaman bagi komunitas organisme  yang hidup di dalamnya.
Keseimbangan  ekosistem perairan dipengaruhi oleh dua faktor utama yaitu unsur-unsur  penyusunnya terdiri atas komposisi yang ideal ditinjau dari segi jenis  dan fungsinya yang membentuk suatu rantai makanan di dalam perairan  tersebut. Faktor lainnya yang menentukan keseimbangan ekosistem perairan  adalah proses-proses yang terjadi di dalamnya baik yang bersifat  biologi, kimia dan fisika berlangsung dalam kondisi yang ideal pula dan  membawa pengaruh yang tidak membahayakan bagi kehidupan di dalam  perairan tersebut.
Kestabilan ekosistem perairan berarti  kemampuan ekosistem tersebut mempertahankan keseimbangannya dalam  menghadapi perubahan atau guncangan yang disebabkan oleh pengaruh dari  luar. Suatu ekosistem perairan dengan tingkat keseimbangan yang bersifat  fluktuatif akan memberikan dampak yang cukup nyata bagi kehidupan yang  berada di dalamnya, sehingga dengan sendirinya akan menjadi suatu tempat  yang tidak kondusif bagi organisme yang hidup di dalam ekosistem  perairan tersebut.
Berdasarkan pada uraian di atas maka ekosistem  perairan tambak yang merupakan ekosistem tertutup sangat rentan  terhadap timbulnya permasalahan baik yang menyangkut kualitas perairan  tambak maupun kondisi dan kualitas udangnya. Permasalahan kualitas  perairan tambak secara garis besar dapat disebabkan oleh beberapa  faktor, yaitu antara lain:
- Faktor internal, yaitu  permasalahan yang disebabkan oleh kondisi dari dalam perairan tambak itu  sendiri. Pada kondisi ini terjadi karena proses-proses yang berlangsung  di dalamnya cenderung tidak terkendali dan tidak dapat dikontrol oleh  mekanisme keseimbangan yang bersifat alami.
 - Faktor eksternal, yaitu permasalahan yang disebabkan oleh pengaruh dari luar tambak dan biasanya karena adanya perubahan cuaca.
 - Faktor treatment error, yaitu permasalahan kualitas perairan yang disebabkan oleh kesalahan teknis budidaya yang diterapkan. Kondisi ini terjadi karena pengambilan keputusan yang tidak berdasarkan pengamatan dan analisis yang cermat sesuai dengan kondisi yang ada di lapangan
 
Permasalahan  kualitas perairan tambak sebaiknya dapat diketahui dan diidentifikasi  secara dini agar guncangan yang terjadi didalam perairan tersebut tidak  menimbulkan masalah yang lebih serius bagi udang. Mengacu pada  pengamatan kondisi dan kualitas udang di dalam perairan tambak, maka  tingkat permasalahan kualitas air tambak dapat digolongkan ke dalam tiga  kategori yaitu :
- Ringan. Pada tingkatan ini  permasalahan kualitas air tambak belum mempengaruhi kondisi, kualitas,  sifat/behaviour dan aktifitas udang di dalam perairan. Permasalahan yang  timbul baru sebatas pada perubahan kondisi lingkungan perairan tambak.
 - Sedang.  Pada tingkatan ini permasalahan kualitas air tambak belum mempengaruhi  kondisi dan kualitas udang, tetapi sudah berpengaruh nyata pada  sifat/behaviour dan aktifitas udang di dalam perairan tersebut seperti  udang melakukan konvoi, nafsu makan menurun dan cenderung pasif.
 - Berat.  Pada tingkatan ini permasalahan kualitas air tambak sudah berpengaruh  nyata pada kondisi, kualitas, sifat/behaviour dan aktifitas udang di  dalam perairan, seperti udang mulai terinfeksi penyakit, melayang-layang  di permukaan air, banyak menempel di dinding petakan tambak, pemunculan  di ancho sangat banyak dan gerakannya sangat pasif.
 - Sangat Berat. Pada tingkatan ini permasalahan kualitas air tambak sudah mengakibatkan kematian massal bagi udang, sehingga pengambilan keputusan yang lebih mengarah pada pemanenan.
 
Tingkat permasalahan kualitas air bisa  dikatakan memiliki korelasi dengan pengelolaan kualitas perairan yang  dilakukan sebelum perairan terkena masalah terutama yang menyangkut  tingkat ketelitian pengamatan kondisi perairan dan udang, metode  pengelolaan air, treatmen yang telah digunakan, serta jangka waktu  penanganan masalah tersebut. Suatu permasalahan kualitas yang tidak  teridentifikasi dan terindikasi sejak dini akan memperberat tingkat  permasalahan tersebut, karena terjadi akumulasi permasalahan yang  semakin berkembang serta dapat menjalar ke permasalahan aspek lainnya.  Jika kondisi ini terjadi maka tingkat permasalahan tersebut tidak hanya  bertambah berat tapi juga akan semakin rumit dalam proses pengambilan  keputusannya.